(1) Iekārtu izvēle. Farmaceitisko iekārtu izvēlē pastāv dažas problēmas, piemēram, izvēle, balstoties uz pieredzi (bez faktiskā aprēķina vai nepietiekama datu aprēķināšana), akla tiekšanās pēc attīstības un nepietiekama fizisko datu izpēte, kas nopietni ietekmē iekārtu praktisko izmantojamību un ekonomiskumu.

(2) iekārtu uzstādīšana un apmācība. Farmācijas iekārtu uzstādīšanas procesā bieži tiek pievērsta uzmanība būvniecības gaitai, ignorējot būvniecības kvalitāti, kas vēlāk noved pie iekārtu uzturēšanas izmaksu pieauguma. Turklāt nepietiekama iekārtu apkopes un ekspluatācijas personāla apmācība rada arī riskus farmācijas iekārtu pārvaldībai un uzturēšanai.

(3) nepietiekamas investīcijas informatizācijas pārvaldībā un uzturēšanā. Mūsdienās, lai gan daudzi uzņēmumi piešķir lielu nozīmi iekārtu pārvaldībai un apkopei, kā arī iekārtu apkopes uzskaites pārvaldībai un pamatparametru reģistrēšanai un dažas no tām jau ir paveiktas, tomēr joprojām pastāv dažas problēmas, piemēram, grūtības nodrošināt nepārtrauktus apkopes datus, efektīvas farmācijas iekārtu specifikācijas informācijas, piemēram, specifikāciju, rasējumu utt., trūkums, kas palielināja iekārtu pārvaldības, apkopes un rekonstrukcijas grūtības.

(4) vadības sistēma. Efektīvas vadības sistēmas un metožu trūkums noved pie nepietiekamas farmācijas iekārtu apkopes personāla vadības, apkopes personāla darba standartizācijas trūkuma, farmācijas iekārtu pārvaldības un apkopes procesa slēptiem drošības riskiem.